Seitlich neben dem Palazzo del Popolo erhebt sich der Palazzo del Capitano di Todi, auch als „Palazzo Nuovo“ („neuer Palast“) bezeichnet. Im Unterschied zum ersten und älteren Palast wurde dieser am Ende des 13. Jahrhunderts, rund um das Jahr 1293, zusammen mit dem Palazzo dei Priori errichtet.
Aus struktureller Sicht erstreckt sich das Gebäude im gotischen Stil über drei Stockwerke. Ein Bogengang mit drei- und vierbogigen Bögen, die von Säulen gehalten und von Bögen und Tympana in den beiden oberen Stockwerken umrahmt werden, befindet sich im Erdgeschoss. Die architektonische Besonderheit, die dieses Bauwerk kennzeichnet, ist die monumentale, transversale Treppe, die zur Piazza del Popolo hin ausgerichtet ist und den Zugang zu beiden Palazzi ermöglicht.
Heute sind im Gebäude Büros und die Stadtmuseen untergebracht. Im ersten Stock des Palazzo del Capitano ist der gleichnamige Saal „del Capitano“ vorzufinden (wo die Reste von Fresken aus dem 14. Jahrhundert bestaunt werden können) sowie ein Bereich des Etruskisch-Römischen Museums, in dem sich eine Kopie des berühmten Marte di Todi befindet (das Original ist in den Vatikanischen Museen zu sehen). Im zweiten Stock ist hingegen das Museum Pinakothek untergebracht.