Umstrukturiert und im Jahr 1997 wiedereröffnet, befindet sich das Museo Civico pinacoteca di Todi (Stadtmuseum von Todi) im obersten Stockwerk des Palazzo del Popolo und des Palazzo del Capitano. In verschiedene Bereiche unterteilt, beginnt die Besichtigung im Museo della città (Stadtmuseum), in dem die wichtigsten Momente der Geschichte von Todi zusammengefasst sind. Hier befindet sich die bekannte Marmorplatte aus dem 10. oder 11. Jahrhundert, auf der S. Fortunato (Hl. Fortunato), S. Cassiano (Hl. Kassian) und Cristo Redentore (Christus der Erlöser) dargestellt sind. Die anschließenden fünf Bereiche sind der Archäologie (attische Keramik mit roten und schwarzen Figuren, architektonischer Terrakotta und Votiv-Bronzen), der Münzkunde (insgesamt 1.500 Münzen aus dem Griechischen und Vorrömischen Zeitalter bis hin zum Mittelalter und der Moderne), den Stoffen (liturgische Gewänder und andere Handarbeiten aus Seide, Samt, Damast und Leinen, die zwischen dem 15. und dem 17. Jahrhundert hergestellt wurden), der Keramik (Töpferwaren für den Alltagsgebrauch vom 8. bis zum 13. Jahrhundert) und zu guter Letzt – in der Pinakothek – den Gemälden gewidmet. Hier sind wunderbare Kunstwerke zu sehen, darunter die berühmte Pala von Giovanni di Pietro (Lo Spagna), einer der wichtigsten Schüler des Perugino, auf dem die Krönung der Jungfrau dargestellt ist, sechs Gemälde von Ferraù da Faenza aus dem Dom und der Kirche Chiesa di S. Fortunato, die Grablegung Christi von Pietro Paolo Sensini (1608) und Madonna mit Kind und Heiligen von Andrea Polinori.