Im unteren Bereich der Stadt von Gubbio, an der Südseite der Piazza Quaranta Martiri, befindet sich die große Kirche San Francesco. Das Gebäude wurde 1255 errichtet, aber die Arbeiten zum Schmücken dauerten über mehrere Jahrzehnte an und wurden 1291 fertiggetsellt.
Die Kirche ist Teil eines großen Komplexes, der auf den Grundstücken der Familie Spadalonga errichtet wurde, da ein Mitglied dieser Familie, Giacomello, behauptete, Franziskus während der ersten Gefangenschaft in Peruga kennengelernt zu haben und ein guter Freund von ihm zu sein. Der Legende nach fand der Heilige aus Assisi am Beginn des 13. Jahrhundert ausgerechnet in diesem Haus Zufluft und Schutz, nachdem er das väterliche Haus verlassen hatte, und ausgerechnet in diesem Haus trug er der Legende nach auch die Kutte zum ersten Mal.
Noch heute sind in der Sakristei einige Spuren der Fundamente des alten Herrschaftssitzes zu sehen.
Die Kirche wirkt heute riesengroß mit einem spitz zulaufenden Grundriss und einer unvollendeten Fassade, in der sich ein großes gotisches Eingangstor befindet, das von einer dekorativen Rosette überragt wird. Am Ende des Schiffs befinden sich drei polygonale Apsiden, die von eingliedrigen Fenstern beleuchtet werden.
Auch das Innere des Gebäudes ist überraschend elegant. Der Raum ist in drei Schiffe unterteilt, die durch 14 achteckige Säulen voneinander getrennt sind. Sie stützen die kreuzförmige Decke, die das Ergebnis von Restaurierungsarbeiten im 18. Jahrhundert ist.
Betreffend die Wanddekoration sind mit Sicherheit die Fresken der drei Apsiden mit Szenen aus dem Leben von Maria, gemalt von Ottaviano Nelli im 15. Jahrhundert, und weitere Fresken von großem künstlerischen Wert zu erwähnen, die auf das 13. oder 14. Jahrhundert zurückgehen und einem anonymen Maler aus der Region zugeordnet werden: Jesus auf dem Thron und an seiner Seite hl. Petrus, hl. Paulus, hl. Franziskus und hl. Antonius sowie einige Episoden aus dem Leben des hl. Franziskus. Neben dem religiösen Gebäude beherbergt das Gebiet ein Klostergebäude, das ebenfalls besucht werden sollte. Gläubigen und Besichern wird sogar die Möglichkeit geboten, den wunderschönen “Chiostro della Pace” (“Kreuzgang des Friedens”) sowie die “Sala Capitolare”, in der die Ordensbrüder über die Normen des gemeinschaftlichen Lebens entschieden, das “Refettorio” (“Refektorium”), das heute ein Kongresssaal ist, und den “Chiostro Maggiore” (“Großer Kreuzgang”) zu bestaunen, wobei zu erwähnen ist, dass letzterer derzeit nur im Rahmen von Veranstaltungen oder Kunstausstellungen besichtigt werden kann.