Neanche letà fiorente del Rinascimento, periodo portatore di cultura e bellezza in tutta Italia, placa le sorti della travagliata città umbra. Per tutto il 400 Assisi è dilaniata dalle scorribande di ribelli condottieri Perugini che si impossessano della città a più riprese, scacciati ciclicamente da alleati dello Stato pontificio come gli Sforza e i Montefeltro. Nel 1398 Braccio Fortebraccio da Montone invase la città con lintento poi di rientrare a Perugia, da cui era stato esiliato qualche tempo prima. Nel 1442 Niccolò Piccinino, con laiuto di un frate traditore, riuscì a superare le mura cittadine e devastò tutto ciò che trovò sulla sua strada. La leggenda vuole che, abbagliato dalla bellezza della città, rifiutò 15 mila fiorini offertigli dal comune di Perugia per raderla al suolo definitivamente.
Assisi era in ginocchio, distrutta e desolata. Sul finire del secolo riprendono gli scontri tra le fazioni cittadine in concomitanza con le lotte intestine fra le famiglie perugine. La Parte di Sopra, guelfa, che appoggiava la famiglia Baglioni e la Parte di Sotto, ghibellina, a sostegno della famiglia degli Oddi. E ancora allinizio del nuovo secolo la città dovrà sopportare gli scempi e le distruzioni del Valentino, Cesare Borgia, che, con il pretesto di riportare la città sotto il controllo del Papa, saccheggia senza scrupolo e ritegno ogni chiesa che trova sulla sua strada.
Per avere unidea della situazione in cui versò la città in questo secolo basti pensare che oltre alla storica epidemia del 1348, tra il 1416 e il 1529 sono documentate ben ventisei pestilenze, in media una ogni quattro anni, durante le quali i cittadini erano costretti ad abbandonare la città, cercando di tirare avanti tra i rischi e gli stenti di contadi e zone montuose, o rimanere in città, andando incontro a morte certa. Dalla prima metà del Cinquecento Assisi entra stabilmente a far parte dei territori dello Stato Pontificio e comincia una nuova era pacifica ma, paradossalmente, ancora più povera di quella precedente.