La pequeña Iglesia de San Juan y San Pablo está situada en el corazón de la ciudad de Spoleto, en la zona de la antigua Vaita Filittèria, el barrio medieval bizantino. El edificio fue construido con sillares de piedra y materiales reutilizados de la época romana. Una inscripción conservada en el interior de la iglesia data de 1174, aunque gracias a recientes excavaciones se ha descubierto que la actual iglesia se construyó sobre un edificio religiosoanterior, situado en el espacio que actualmente ocupa la cripta.
A la Iglesia de San Juan y San Pablo se accede a través de un portal muy estrecho, decorado con un luneto. La fachada exterior, de formas muy sencillas, está decorada en la parte superior por un rosetón circular con una cruz en el interior y una cornisa cuadrada en el exterior. En el muro exterior izquierdo se conserva, desgraciadamente en mal estado, un hermoso fresco que representa a la Virgen y a cuatro santos.
En el interior del espacio se compone de una sola nave con el presbiterio, construido en el siglo XVI, levantado sobre la cripta (que ya no es accesible) y numerosos frescos que datan de un período entre los siglos XII y XVI. Destaca, en lapared izquierda, el martirio de Thomas Becket de Canterbury, que data del sigloXIII. Esta extraordinaria obra es una de las muy raras representaciones del asesinato del obispo inglés, recordando su controversia con el Canciller del Reino de Inglaterra, Enrique II. El episodio también podría ser interpretado en referencia a la historia de la ciudad, reconectando con la lucha entre el imperio y el papado por la conquista del Ducado de Spoleto. En la pared derecha hay otro valioso fresco que representa el Banquete de Herodes con la Danza de Salomé. Otra obra maestra que representa el martirio de los santos Juan y Pablo fue desprendida de una pared de la cripta en 1961 y ahora se encuentra en el Museo Nacional del Ducado de Villa de Albornoz.
Los frescos más recientes se atribuyen al prelado y pintor local Pier Matteo Piergili, que trabajó en la iglesia en el siglo XVI.