La piccola chiesa dei SS Giovanni e Paolo sorge nel cuore della città di Spoleto, nell’area dell’antica Vaita Filittèria, il quartier bizantino di epoca medievale. L’edificio venne realizzato in conci di pietra e materiale di riuso di epoca romana. Un’iscrizione conservata all’interno data la fondazione al 1174, anche se grazie a recenti scavi è stato scoperto che l’odierna chiesa venne costruita su un precedente edificio religioso, individuato nello spazio occupato attualmente dalla cripta.
Si accede alla chiesa dei SS Giovanni e Paolo tramite un portale molto stretto, decorato a lunetta. La facciata esterna, di forme semplicissime, è decorata nella parte superiore da un rosone circolare con una croce all’interno e una cornice quadrata all’esterno. Sul muro sinistro esterno si conserva ancora, purtroppo in cattive condizioni, un bellissimo affresco raffigurante la Madonna e quattro santi.
All’interno lo spazio è composto da un’unica navata con il presbiterio, realizzato nel Cinquecento, rialzato al di sopra della Cripta (che oggi non è più accessibile) e da numerosi affreschi databili ad un periodo compreso tra il XII e XVI secolo. Particolarmente degno di nota è, sulla parete di sinistra, il Martirio di Thomas Becket da Canterbury, databile al XIII secolo. Questa straordinaria opera costituisce una delle rarissime rappresentazioni dell’assassinio del vescovo inglese, richiamando la sua controversia con il Cancelliere del Regno d’Inghilterra, Enrico II. L’episodio sarebbe interpretabile anche in riferimento alla storia della città, ricollegandosi alla lotta tra impero e papato per la conquista del Ducato di Spoleto. Sulla parete destra si trova un altro pregevole affresco che rappresenta il Banchetto di Erode con la Danza di Salomè. Un altro capolavoro raffigurante il Martirio dei Santi Giovanni e Paolo venne staccato da una parete della cripta nel 1961 ed è oggi conservato al Museo Nazionale del Ducato presso la Villa Albornoziana.
Gli affreschi più recenti sono attribuiti al prelato e pittore locale Pier Matteo Piergili che operò nella chiesetta nel Cinquecento.