El teatro no fue bautizado inmediatamente con el nombre de Francesco Morlacchi. El nombre le fue dado sólo después de la gran restauración que lo vio como protagonista en 1874, por Guglielmo Calderini. De hecho, unas décadas antes había muerto el músico perusino de renombre internacional. Nacido en 1784, Francesco Morlacchi demostró un gran talento como compositor, lo que le llevó a profundizar sus estudios en Nápoles a principios del siglo XIX. Una serie de éxitos, adquiridos en el centro de Italia, le llevaron a ganar el puesto de maestro de capilla en Urbino, llegando a ganar tal fama que fue incluso internacionalmente conocido y nombrado maestro de capilla de la Ópera Italiana de Dresde en un período de conflicto cultural,cuando la Ópera Alemana se estaba estableciendo y su difusión también representaba un tema de interés político. Precisamente por esta razón, Morlacchi fue desafiado a menudo por los críticos, que lo veían como un símbolo de un antiguo espíritu composicional, no tan progresista como el cambio que la época requería. Murió en Innsbruck en 1841, justo durante un viaje a Perugia por razones de salud. Fue reemplazado en su papel de Kapellmeister por Richard Wagner.
Fue precisamente su fama y el prestigio adquirido a lo largo del tiempo lo que llevó a la Academia de Perugia a ponerle su nombre al recién renovado teatro.
El Teatro Morlacchi, sin embargo, fue construido aproximadamente un siglo antes, inaugurado exactamente el 15 de agosto de 1871 con el nombre de Teatro Cívico del Verzaro y con capacidad para 1200 personas. Fue encargado por la burguesía de la ciudad, casi como para afirmar su fuerza en respuesta a la construcción del Teatro del Pavone por la nobleza perusina. Fue construido por el arquitecto perusino Alessio Lorenzini, que tuvo que demostrar su ingenio para adaptar la estructura al pequeño espacio disponible, donde antes había un antiguo convento.
La actividad del teatro fue inmediatamente agitada y laboriosa, acogiendo a actores muy importantes, como Irma Gramatica y Oreste Calabrese. El advenimiento del fascismo y la consiguiente censura cultural masiva hizo que el teatro cayera en una especie de apatía productiva, un estado que alcanzó su apogeo en los primeros años de la ocupación alemana, cuando el edificio se utilizó exclusivamente para entretener a las tropas del Reich con espectáculos de bajo nivel. Cuando la Academia volvió a tomar posesión de ella en 1942, tuvo que hacer frente a los considerables daños causados a la estructura, decidiendo entregar el teatro a la administración municipal que a principios de los años 50 financió una restauración completa, hasta obtener el edificio que ahora puede ser visitado.