Alla sinistra del Duomo, accessibile tramite una scala, il Palazzo Vescovile di Todi venne commissionato nel 1593 dal Vescovo Angelo Cesi, realizzato nel luogo dove sorgevano le case dei canonici e pensato come dimora degna di un principe mecenate rinascimentale.
L’edificio era articolato in quattro livelli: al piano inferiore, all’altezza del giardino chiamato “orto del vescovo” e oggi dismesso, si trovavano cucine, stalle, cantine e magazzini. Dall’ingresso centrale, attribuito al Vignola, si accedeva al primo piano che ospitava la curia, la cancelleria e l’archivio. Da questo livello una scala monumentale conduceva al piano nobile che ospitava la Sala del trono, concepita come luogo di rappresentanza e apoteosi dell’autorità vescovile, in cui si tenevano le udienze. La sala, affrescata da Ferraù de Faenza, riportava il cartiglio e il ritratto di tutti i pastori che guidarono la chiesa tudertina da San Terenziano ad Angelo Cesi. Nello stesso piano nobile erano presenti ancora la cappella privata e la Galleria, affrescata dal pittore Andrea Polinori con episodi della storia di Todi. Da questa si accedeva ai saloni privati del vescovo oggi adibiti a sede della biblioteca diocesana. Infine, il quarto ed ultimo piano del Palazzo Vescovile di Todi era destinato esclusivamente alla servitù.