Il Santuario di Santa Chiara, retto da una comunità di monache agostiniane, venne fondato nel 1615 e, quasi certamente, progettato dall’architetto Valentino Martelli che fu cittadino onorario di Montefalco dai primi anni del secolo; la sua edificazione durò a lungo e soltanto tra il 1641 e il 1643 si coprirono le volte delle navate. A quel tempo, al posto dell’attuale transetto, sorgeva la chiesa quattrocentesca.
Nel santuario vi è la Cappella di Santa Croce. Originariamente la piccola cappella era una chiesa di cui oggi rimane solamente la parte absidale, alla quale si accede dalla sacrestia. Fu la Beata Giovanna a dare inizio ai lavori di costruzione di questo edificio. Mentre nel 1291 la sorella, Santa Chiara, divenuta Abbadessa, fece ricostruire la chiesa dalle fondamenta. Lì morì e fu inizialmente deposta, fino a quando, nel 1430 fu traslata nella chiesa attigua, dove è ancora conservata. La Cappella è affrescata con scene della vita della Santa, una Madonna in trono con Bambino e alcuni Santi: il principale artista che vi operò è detto il Maestro di Santa Chiara da Montefalco.
Data la presenza di costruzioni preesistenti, il Santuario dovette adattarsi allo spazio a disposizione; nonostante ciò, risulta di una severa classica eleganza sia all’esterno che all’interno, che è a tre navate. Entrando in chiesa e camminando fino in fondo al braccio destro del transetto, si può ammirare l’altare di Santa Chiara, stuccato e riccamente decorato, fatto erigere nel 1600. Proprio al centro dell’altare, in mezzo a due statue raffiguranti San Girolamo e Sant’Agostino, è collocata l’urna che conserva la spoglia della Santa; ai lati alcune reliquie a lei appartenute. Come il suo cuore, tre calcoli trovati nella cistifellea, una croce pettorale e un reliquiario d’argento con i Misteri della Passione di Cristo scoperti nel suo cuore. Sopra l’urna c’è una bellissima tela seicentesca di Francesco Longhi, che raffigura l’estatica Santa Chiara insieme al committente Fabio Tempestivi, montefalchese che fu arcivescovo di Ragusa.
Scendendo la navata destra, ci si imbatte sulla lastra tombale del cardinale Matteo Petrucci di Jesi, morto a Montefalco, dove si era recato a visitare il corpo di Santa Chiara nel 1701.
Nel braccetto sinistro si trova invece un altro altare barocco stuccato e fatto erigere da Onofrio de Cuppis nel 1692: l’opera venne realizzata dallo scultore milanese Camillo Rusconi e conserva, nell’ovato al centro, una tela con la Morte di Sant’Onofrio attribuita al pittore spoletino Francesco Refini, che è probabilmente anche autore dell’altra tela sopra la cantoria.
Uscendo dal Santuario di Santa Chiara, si può ammirare anche il chiostro quattrocentesco, luogo di serenità e bellezza.