Il complesso dedicato a Sant’Agata si trova nell’omonima via, presso la zona archeologica di Spoleto, e si compone di una piccola chiesa, di cui si conserva solo il porticato, e dal Convento fatto costruire, nel 1395, dalle monache benedettine che dimoravano presso la Chiesa di S. Paolo Inter Vineas. Essendo divenuto un luogo poco sicuro, le monache ebbero la necessità di spostarsi all’interno delle mura cittadine occupando le abitazioni private della famiglia Corvi, ereditate da una consorella. Sui muri della struttura, risalente all’XI secolo, sono ancora visibili alcuni bassorilievi decorativi che rappresentano i volatili simbolo della famiglia. Nel Cinquecento il complesso venne ampliato ed in parte modificato. È di questo periodo il bellissimo affresco, attribuito ad un anonimo pittore spoletino, che si trova sul muro di fondo del refettorio raffigurante L’Ultima cena e Orazione di Cristo nell’orto di Gethsemani.
Nel 1868 il Convento venne espropriato dal neonato Stato italiano e le monache, costrette ad abbandonare la propria sede, devastarono il complesso provocando ingenti danni a pavimenti ed infissi prima di trasferirsi definitivamente presso il monastero di Santa Lucia di Trevi, nel 1965.
Dal 1870 al 1954 Complesso di Sant’Agata ospitò il carcere femminile mentre oggi è sede del Museo Archeologico Nazionale di Spoleto.
Della Chiesetta annessa al convento, che venne costruita a ridosso del preesistente teatro romano, si conserva soltanto il porticato composto da tre fornici di arcate a sesto acuto su colonne dell’XI secolo.