Nella parte più alta del borgo di Bevagna, a 225 metri sul livello del mare, si erge la Chiesa di San Francesco. È possibile ricondurre le sue origini alla fine del XIII secolo, precisamente al 1275, anno in cui ne vennero poste le basi su un oratorio già precedentemente realizzato in onore di S. Giovanni Battista. Il complesso comprende anche un convento.
L’edificio si raggiunge dopo aver percorso una lunga scalinata e dati i ritrovamenti, si suppone che, anche per la sua posizione elevata, nello stesso luogo in passato sorgesse un tempio romano.
Esternamente è possibile ammirare la costruzione nel suo aspetto originario, che si presenta semplice, sobrio e tipicamente francescano. Varcando l’ingresso, che consiste in un portale polistilo e da capitelli arricchiti da elementi fogliari, è possibile notare che l’esterno, così essenziale e umile, risulta in netto contrasto con l’interno, dal tocco raffinato e ricercato. Quest’ultimo è stato oggetto di un profondo restauro avvenuto nel 1756. La chiesa si compone di una sola navata e di due Cappelle laterali, ovvero la Cappella di Gisberto Ciccoli e quella dedicata alla Madonna di Loreto, presumibilmente attribuita all’architetto Galeazzo Alessi.
La chiesa è nota per la presenza della pietra su cui San Francesco si posò durante la sua predica agli Uccelli in località Pian d’Arca. Si narra che la sua voce soave e i suoi modi delicati avrebbero estasiato i piccoli volatili al punto tale da far sì che tutti rimanessero ad ascoltare le sue parole e che nessuno volasse via.
La pietra è custodita nella Cappella della chiesa vicino all’altare all’interno di una grata protettiva.
Una menzione particolare meritano anche i dipinti degli artisti Dono Doni (inizi 1500- 1575), una Pietà del suo seguace Ascensidonio Spacca detto Il Fantino (1560-1646) e l’opera “Immacolata, Trinità e Santi” anch’essa di Spacca.
Risulta di particolare bellezza la volta della cupola di una delle cappelle, impreziosita dalla terracotta invetriata o maiolica. L’utilizzo di questa tecnica da parte degli artisti richiamava all’epoca un senso di spiritualità e di sacralità che ben si addiceva alla peculiarità di questo luogo di culto.